Оператор на Фонд Активни граждани България е Фондация „Институт Отворено общество – София“ (ИОО-С) в партньорство с Фондация „Работилница за граждански инициативи“ (ФРГИ) и Фондация „Тръст за социална алтернатива“ (ТСА). И трите партньора са независими неправителствени организации с опит в управлението на програми за предоставяне на безвъзмездно финансиране в тематичните области на Програмата.

Институт Отворено общество – София (ИОО-С) е българска неправителствена, нестопанска организация за осъществяване на дейност в обществена полза с близо 30 годишен опит в предоставянето на безвъзмездно финансиране в подкрепа на гражданския сектор в България. От създаването си през 1990 година Институтът се застъпва за демократизацията на обществено-политическия живот, работи за разширяването на гражданските свободи и за спазването на основните човешки права и подпомага укрепването на институциите на гражданския сектор. ИОО-С е сертифициран по стандарта ISO 9001.

Фондация „Работилница за граждански инициативи“ (ФРГИ) е неправителствена, нестопанска организация, регистрирана в обществена полза. Мисията на ФРГИ е да насърчава различни общности да поемат отговорност и да работят активно за социално развитие, като използват пълноценно местни ресурси. ФРГИ е един от лидерите в страната в развитието на местното дарителство, като подкрепя организации, които работят за развитието на филантропията като източник за финансиране на неправителствени организации по места. През 2005 г. Фондацията става първата в страната, на която е поверено управлението на корпоративен фонд.

Фондация „Тръст за социална алтернатива“ (ТСА) е българска неправителствена, нестопанска организация с идеална цел, създадена през 2012 г. Мисията на фондацията е да се прекъсне порочния кръг на бедността чрез насърчаване на възможности, които помагат на най-непривилегированите граждани на България да постигнат образователен и икономически успех.

В досегашното си съществуване ТСА се е утвърдила като една от водещите организации за осигуряването на подкрепа в три основни направления - ранно детско развитие с фокус върху отглеждането на здрави деца и повишено присъствие в детската градина, образователни постижения и предотвратяване на отпадането на деца от училище, както и достъп до възможности за повишаване доходите на хора от рискови групи, което включва свързване с работодатели, предприемачество и жилищно устройство.